با افزایش نیاز به انجام پژوهش‌های کاربردی در حوزه بهداشت، ایمنی، پیشگیری از مصدومیتها و کنترل عوامل محیطی تهدید کننده سلامت عموم مردم و شاغلین در کشور، مراکز تحقیقاتی ارتقاء ایمنی و پیشگیری از مصدومیتها، کنترل عوامل زیان‌آور محیط و کار و کیفیت هوا و تغییر اقلیم به ترتیب در سال‌های ۱۳۸۷، ۱۳۹۳ و ۱۴۰۰ با اخذ مجوز از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی تاسیس شده و شروع به فعالیت نمودند.
با توجه به موفقیت چشم‌گیر مراکز تحقیقاتی مذکور در ارائه راه‌حل‌های دانش‌بنیان جهت ارتقاء سلامتی در کشور و گسترش مرزهای دانش در حوزه‌های بهداشت و محیط‌زیست، بمنظور ایجاد هماهنگی و هم‌افزاییی بیشتر فعالیت‌ها و توسعه دامنه اثرگذاری در ابعاد ملی و بین‌المللی، در جلسه مورخ ۲۴/7/۱۴۰۰ با حضور روسا، معاونین و برخی اعضای هیئت موسس مراکز تحقیقاتی ارتقاء ایمنی و پیشگیری از مصدومیتها، کنترل عوامل زیان آور محیط و کار و کیفیت هوا و تغییر اقلیم، پیشنهاد تاسیس "پژوهشکده علوم بهداشتی و محیط‌زیست"از تجمیع این مراکز مطرح شد و مورد تایید قرار گرفت و مراتب طی نامهای به ریاست محترم دانشگاه اعلام گردید.
در چهل و هشتمین جلسه شورای دانشگاه مورخ ۱۲/11/۱۴۰۰ با تاسیس پژوهشکده علوم بهداشتی و محیط‌زیست موافقت به عمل آمد و مراتب به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام گردید. پس از تکمیل مدارک مورد نیاز، معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، کارگروه تاسیس و تصمیمگیری ساختارهای تحقیقاتی علوم پزشکی کشور در تاریخ ۰۸/08/۱۴۰۱ با تاسیس این پژوهشکده موافقت کرد و در دویست و هشتاد و نهمین جلسه شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی مورخ ۱۴/12/۱۴۰۱، تاسیس پژوهشکده علوم بهداشتی و محیط‌زیست با کسب نظر موافق مورد تصویب نهایی قرار گرفت.